東京は東京でも、青『海』ではなく青『梅』周辺の、島嶼部を除いて一番時間がかかるエリアです(コミケに限らず間違える人がよくいます)。
 わざわざコミケ時早朝に限定したのは、通常の場合は
(青梅線)〜立川〜(中央線)〜新宿〜(山手線/埼京線)〜大崎〜(りんかい線)〜国際展示場
 のルートほぼ一択で、最速(昼間なら約1時間半)かつ乗換も最小1回で済むことからです。
 コミケ時早朝に限定した場合出発場所にもよりますが基本はやはり上記ルートで、青梅初電では国際展示場に6時半過ぎに着きます。
 しかし、必ずしもそれが最速とは限りません。

 極論を言ってしまえば、ビッグサイト近辺の駐車場まで自動車になってしまいますが、ここでは公共交通機関と人力(徒歩、自転車等)に限定します。

【青梅〜拝島〜(立川)】
・青梅線青梅発初電(大崎経由りんかい線)
  上記の通り青梅4:35発の初電から6:30過ぎに着きます(実感では9割5分このルート)
・青梅線青梅発初電(豊洲経由ゆりかもめ)
  りんかい線の遅延と国際展示場駅の改札出場待ち次第でこちらの方が早く着きます。
  ルートとしては中央線で新宿を過ぎて、市ヶ谷〜(メトロ有楽町線)〜豊洲〜(ゆりかもめ)〜有明
  中野からメトロ東西線、飯田橋から有楽町線の方が安いですが、乗換が増えるのと乗換時間が短めです。
・立川から中央線初電
  中央線豊田発初電はりんかい線大崎発初電に間に合いますが、それに立川から乗れば青梅線初電に比べて30分以上早く着きます。
  立川市自転車(等)駐車場のご利用案内 | 立川市
  自転車利用の盛んな立川では駐輪場も多く、冬コミは寒くて辛いですが、夏コミならば選択肢の一つとしてありでしょう。
  高低差と拝島、立川付近以外は線路沿いに道路があることを考えると、普通の自転車なら拝島→立川で8km35分、青梅→立川で20km1時間20分程、駐輪場探しと駐輪場から駅までの移動を考えると、青梅では3時に出発というところでしょうか(頑張れば1時間で行けますが、まだ暗い時間帯なので安全面を考慮する必要もあります)。
・西東京バス羽田空港便(天王洲アイル経由りんかい線)
  青梅・羽村・福生〜羽田空港線|西東京バス
  河辺駅から早朝に2便のみ出ていますが、河辺〜福生の各駅と内出東(拝島から徒歩5分)に停まって羽田空港に向かいます。
  1便目(河辺3:50発)で定刻の場合、羽田空港第2ビル〜(東京モノレール)〜天王洲アイル〜(りんかい線)〜国際展示場と乗り継げば、C87同様にりんかい線が増発されれば土休日ダイヤの場合のみ初電乗継に比べて1本7分早く着きます。
  と書くと微妙ですが、羽田空港に15分早着すれば乗継次第で国際展示場に12〜30分早く着きます。首都高都心環状線が全線開通したことと、コミケの期間はお盆と年末年始なので、早朝ということを考えると早着可能性は充分にあると思います(とはいえ不安定なので何とも言えませんが)。
(・青梅線初電からムーンライト信州92号利用)
  8/16限定(正確には諏訪湖花火大会の翌日)、C88の場合3日目が該当します。
  本来は花火帰りの人を対象とした全席指定の夜行快速ですが、指定券さえ確保できれば途中からの乗車も可能なようです。立川まででの下車が割と多いのか、立川→新宿に関しては空席もそこそこ出ます(えきねっとで確認)が、コミケ参加には便利でコスパも良く思える長野、山梨県内からは流石に指定券がとりにくいです。
  直後の中央線に比べて新宿に10分早く着き、大崎乗換で国際展示場に15分程早く着きます。尚、立川での乗換時間は僅か1分の為、青梅線初電の乗車位置と遅延次第では間に合いませんので注意を(こんな乗継をする人はほぼいないと思われるので、遅延した場合に車掌さんに連絡してもML信州の接続待ちをとってくれるかは不明です)。
  ちなみに、この乗継、山手線で品川まで行くと"数字上は"東京発6時丁度の、のぞみ1号に品川で追いつきます。※実際は乗換時間3分以下なのでかなり厳しいです。

【武蔵五日市〜拝島】
・武蔵五日市発五日市線初電(大崎経由りんかい線)
  立川、新宿、大崎乗換で7:10前後に着きます(平日と土休日で異なる)。
・青梅線青梅発初電(大崎経由りんかい線)
  上記の通り6:30過ぎに着きます。
  青梅線の牛浜駅から徒歩圏内の熊川駅は徒歩、他の駅からは自転車なりバイクなりで福生、牛浜、拝島駅を目指しましょう。五日市線自体が11km程の短い路線なので、武蔵五日市からでも1時間はかからないと思います。出発地次第では立川直行で上記の中央線豊田初電狙いも。
・西東京バス武蔵五日市発拝島行(大崎経由りんかい線)
   武蔵五日市駅4時半過ぎに1便だけ運行されるこのバスでは、青梅線の青梅発2本目に乗れます。拝島、立川、新宿、大崎と乗り継ぐと五日市線初電より20分程早く6:50前後に着きます。
  尚、土休日に関しては、市ヶ谷から有楽町線、豊洲からゆりかもめの方が速いです。

【奥多摩〜青梅】
・青梅線奥多摩発初電(大崎経由りんかい線)
  青梅、立川、新宿、大崎乗換で7:20前後に着きます(平日は青梅から新宿まで直通ですが遅くなります)。
・青梅発青梅発初電(大崎経由りんかい線)
  上記の通り6:30過ぎに着きます。始発が早い青梅駅まで、青梅街道なり吉野街道で行きましょう(御嶽から約10km、奥多摩から約20km)。

【奥多摩以遠】
・青梅線奥多摩発初電(大崎経由りんかい線)
 上記の通り。
 一応小菅村、丹波山村からのバス(西東京バス)は出ているものの始発が8時台なので到着はお昼になるかと…
 奥多摩町の日原や、都県境から丹波山村に入ってすぐの鴨沢西バス停からは6時台に始発があるので、平日で9時半、土休日で10時着となります(ここまで来るともっぱら自動車でしょうけど)。
 尚、小菅村からは、小菅の湯始発の富士急山梨バスで猿橋駅、中央線乗継の方が早く、10時半前には着きます。